Wiele uwag do zaproponowanych przepisów ma Ministerstwo Gospodarki, m.in. sprzeciwia się wprowadzaniu dodatkowego obciążenia ropy i gazu podatkiem od wydobycia niektórych kopalin, który dubluje się z tzw. opłatą eksploatacyjną. Resort ma wątpliwości, dlaczego zaproponowano branży dwa różne podatki: specjalny podatek węglowodorowy i podatek od wydobycia niektórych kopalin – czytamy w dzisiejszej „Rzeczpospolitej”.
Ministerstwo Środowiska domaga się aby nowe podatki nie dotyczyły wydobycia gazu występującego w złożach węgla kamiennego. Wiceminister środowiska Piotr Woźniak zaproponował także wprowadzenie dodatkowej stawki podatku węglowodorowego na poziomie 0 proc., gdyby się okazało, że łączne obciążenia fiskalne będą przekraczać 40 proc. zysków brutto. Obawy co do tego, że obciążenia mogą okazać się większe niż 40 proc. ma także Mikołaj Budzanowski.