Wody powierzchniowe i podziemne

Prawdopodobieństwo skażenia wody pitnej gazem z łupków jest niewielkie, a jego potencjalnym  źródłem mogą być np. awarie szybów wiertniczych. Niekonwencjonalne zasoby  gazu w Polsce znajdują się na głębokości 2000-5000 m. Poziomy wody pitnej znajdują się na dużo płyciej i są od złóż paliwa oddzielone warstwą skał, które mają charakter izolacji. Występowanie zjawiska zanieczyszczenie wody pitnej metanem jest jednak faktem. Przeciwnicy eksploatacji gazu z łupków próbują łączyć je z wydobyciem ze złóż niekonwencjonalnych, ale takie powiązanie nie zostało dotychczas jednoznacznie udowodnione. Badania, które prowadzono w takich przypadkach w Stanach Zjednoczonych w celu ustalenia źródeł gazu w wodzie wskazywały najczęściej na jego biogeniczne pochodzenie (z naturalnego rozkładu substancji organicznych przy powierzchni), choć część opracowań wskazuje na zależność pomiędzy ilością odwiertów, w których wykonywany był proces szczelinowania hydraulicznego i podwyższonym stężeniem termogenicznego metanu w wodzie w danej okolicy. Należy jednak pamiętać, że specyfika amerykańskich złóż jest inna i gaz często znajduje się na dużo mniejszej głębokości niż w Polsce.

Produkcja gazu łupkowego wymaga znaczących ilości wody. Kwestie związane z jej dostępnością dla obszaru potencjalnego wydobycia gazu ze źródeł niekonwencjonalnych w Polsce wstępnej analizie podała Państwowa Służba Geologiczna. Wyniki badań wskazują, że wykorzystanie zasobów wody pitnej na potrzeby procesu szczelinowania hydraulicznego nie wpłynie istotnie na jej bilans.

Wykorzystanie do procesu szczelinowania hydraulicznego specjalnych płynów, które poza wodą i piaskiem stanowiącymi ponad 90 proc. ich składu, zawierają też dodatki chemiczne, powoduje ryzyko niepożądanego wpływu na środowisko.  W przypadku wód gruntowych pojawiają się kwestie podobne do tych, które dotyczą zanieczyszczenia wody metanem. W tym wypadku zagrożenie związane z  przedostaniem się płynu z chemikaliami do poziomu wód pitnych jest ograniczone. Nawet w przypadkach kiedy w amerykańskich badaniach notowano zbieżność pomiędzy wydobyciem gazu i podwyższoną obecnością metanu w wodzie, nie było w niej śladu płynu szczelinującego. 

Oddzielną kwestią jest zagospodarowanie  płynu powracającego w procesie szczelinowania na powierzchnię. Na powierzchnię zwykle powraca od 10 do 30 proc. płynu ¹, który został zatłoczony do odwiertu. Możliwe jest jego ponowne wykorzystanie, ale z czasem traci on swoje właściwości. Z uwagi na to, że płyn zawiera substancje chemiczne, wymagana jest jego utylizacja.  W Stanach Zjednoczonych do zagospodarowania  zużytego płynu szczelinującego  stosuje się metody takie jak zatłaczanie pod ziemię, recykling, oczyszczanie części komponentów w miejskich oczyszczalniach ścieków.

Wydobycie gazu łupkowego wiąże się ponadto z ryzkiem zanieczyszczenie wód powierzchniowych i podziemnych w wyniku awaryjnego odprowadzania do nich ścieków oraz przeniknięcia zanieczyszczeń rozlanych na terenie w którym prowadzone są prace poszukiwawczo-wydobywcze.