Prace prowadzone w trakcie poszukiwania i produkcji gazu ze złóż niekonwencjonalnych wiążą się z emisją zanieczyszczeń do atmosfery. Zwiększony ruch pojazdów oraz praca urządzeń wiertniczych, które zasilane są olejem napędowym, powodują przedostawanie się do atmosfery spalin i pyłów, które mogą wpłynąć na zwiększenie stężenia w powietrzu m.in. dwutlenku siarki, dwutlenku azotu, tlenku węgla i benzenu.
W przeprowadzony w 2011 r. przez Państwowy Instytut Geologiczny badaniu aspektów środowiskowych procesu szczelinowania hydraulicznego realizowanego w otworze poszukiwawczym Łebień LE-2H przeanalizowano m.in. wpływ prowadzonych prac na atmosferę. Jako potencjalne źródło zanieczyszczeń sprawdzane były: metan, dwutlenek siarki, tlenki azotu, tlenek węgla, benzen i siarkowodór. Wykonane pomiary stanu czystości atmosfery nie wykazały przekroczenia obowiązujących standardów.
Z wydobyciem gazu łupkowego, podobnie jak gazu ze źródeł konwencjonalnych, wiąże się emisja metanu do atmosfery. Metan po uwolnieniu się do atmosfery może przyczyniać się do globalnego ocieplenia, bo działa jak silny gaz cieplarniany (zatrzymuje dużo więcej ciepła niż dwutlenek węgla). Produkcja ze złóż niekonwencjonalnych, które wymagają zabiegu szczelinowania hydraulicznego, charakteryzuje się zwiększoną emisją metanu. Są jednak dostępne technologie, które pozwalają ograniczyć ulatnianie się gazu do atmosfery. W Stanach Zjednoczonych federalna Agencja Ochrony Środowiska (The Environmental Protection Agency) zdecydowała o wprowadzeniu od stycznia 2015 r. obowiązku stosowania technologii wychwytywania gazu.
Komisja Europejska rozpoczęła właśnie konsultacje społeczne w sprawie gazu łupkowego. Wszyscy zwolennicy i przeciwnicy niekonwencjonalnego surowca mogą osobiście napisać do KE w tej sprawie.